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相比旧政策，两者列举的其他费用范围都比原来有了大幅度增加，虽然范围增加了，但是也设置了限制，加计扣除中新设了10%的最高限制，高新技术企业认定中则将原先的10%限额，提高到20%。
总局在97号公告中对加计扣除中其他相关费用限额计算公式进行了明确，也统一了各地执行口径，其他相关费用＝《通知》第一条第一项允许加计扣除的研发费用中的第１项至第５项的费用之和×10％/(1-10%)。高新认定中虽未明确如何计算，但建议可参照执行。
根据《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠事项办理办法〉的公告》的规定，研发费用税前加计扣除政策属汇缴享受优惠项目，因此企业实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度汇算清缴纳税申报时，再依照规定享受加计扣除优惠政策。
加计扣除主要是和企业所得税联系，内部自主研发无形资产费用化支出加计扣除50%，资本化支出形成无形资产的按成本150%摊销。
长期待摊费用是指研发设施的改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。包括为获得创新性、创意性、突破性产品进行的创意设计活动发生的相关费用。为大规模批量化和商业化生产所进行的常规性工装准备和工业工程发生的费用不能计入归集范围。试验费用包括新药研制的临床试验费、勘探开发技术的现场试验费、田间试验费等。委托外部研究开发费用的实际发生额应按照独立交易原则确定，按照实际发生额的80%计入委托方研发费用总额。此项费用一般不得超过研究开发总费用的20%，另有规定的除外。
可以加计扣除的直接投入费用包括： 1.研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用； 2.用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费； 3.用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费。
申请研发费用加计扣除需要满足三个条件： 一是，申请研发费用加计扣除的企业必须是居民企业，非居民企业不可以申请； 二是，企业财务核算健全； 三是，企业要能准确归集研发费用。只要满足以上三个条件，企业就可以享受研发费用加计扣除。
为有效划分这类情形，企业应对此类人员活动情况及仪器、设备、无形资产的使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
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