机动车发票金额开低了，已缴购置税与上牌费，要怎么办？

问题所述情况属于开错发票的处理，按规定，发票开具错误，属于当月开具错误，可以收回发票作废处理，然后再重新开具发票，属于跨月情形的，应当按规定开具红字发票。

因此，按照税法的规定，贵公司应当是考虑作废或者是开具红字发票，然后再开具正确的发票，并且凭正确的发票相应办理后续的购置税补缴手续。

由于上述购车环节涉及4S点、车管所、税务局等多个部门，各地的要求也可能不尽一致，建议直接与4S店沟通了解具体的操作细节。

下面是安徽国税关于开错发票重新开具的做法，供参考：

根据《安徽省国家税务局关于机动车销售统一发票开具有关问题的通知》（皖国税函〔2013〕276号）第三条规定：增值税一般纳税人2009年1月1日以后购买的不征消费税的机动车和2013年8月1日以后购买的应征消费税的机动车，并办理缴税和登记注册手续后，机动车销售统一发票“身份证号码/组织机构代码”栏填写错误且不符合发票作废条件的，纳税人可申请重新开具发票。

第四条规定，纳税人申请重新开具发票流程为：

（一）纳税人提供车辆购置税管理部门出具的证明（证明该份发票报税联因办理车辆购置购税手续无法返还给纳税人），向主管税务机关填报《开具红字机动车销售统一发票申请单》（附件1），经主管税务机关核对，出具《开具红字机动车销售统一发票通知单》（附件2，以下简称《通知单》）。《通知单》暂不通过红字通知单系统开具。

（二）对机动车税控系统开具的机动车销售统一发票“身份证号码/组织机构代码”栏填写错误的，机动车零售企业可凭《通知单》，在机动车税控系统中以销项负数开具红字发票。

（三）对未使用机动车税控系统开具发票的，机动车零售企业可凭《通知单》，在机动车销售统一发票开票软件（非税控）中以销项负数开具红字发票。

（四）机动车零售企业在机动车税控系统中开具正确的蓝字发票给纳税人办理增值税进项税额认证抵扣事项。