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TTO运行模式内容广泛，本文将运行模式划分为工作模式、经费来源、组织结构、管理模式、人员配置和人员素质6个方面，现有的研究已经基本涵盖了TTO运行模式的各个方面。
1、工作模式
目前，TTO主要有三大工作模式，分别是技术转移办公室模式、区域性整合模式和服务性中介模式。大学和研究机构主要采用技术转移办公室模式，一般都会设置自己的技术转移办公室，负责处理相关事务;区域性整合模式在一个区域的多个大学、研究机构和企业之间建立联系，实现区域性资源共享;服务性中介模式则是不从事任何基础或应用型研究，仅处理技术转移相关事务。
2、经费来源
TTO分为传统大学组织结构、非盈利研究机构和盈利私有企业3种，前两种TTO的资金来源有政府和大学，此外还会从技术转移中获得一部分收益，而盈利私有企业的资金主要来源于技术转移和建立新公司。孙理军和黄花叶(2003)对我国技术转移中心的经费来源进行了研究，认为我国的技术转移中心属非盈利机构，它主要通过政府资助来获得一定的运营费用，并借助有偿服务获得适当经费;技术研究和推广项目的收益按一定比例划归中心;中心由有行业专家、政府部门人员参与的协会组成，企业会员缴纳一定会员费。
3、组织结构
TTO一般设置1名主任，2-3名副主任和若干技术经理，并有一些项目助理协助他们的工作。斯坦福大学技术转移办公室由1名主任领导，负责管理和制定计划、技术转移政策，还有若干专业授权人员和助手，他们组成工作小组，负责专利审批和许可协议的谈判工作。在麻省理工学院，有1名主任、2名副主任、7名分管特定领域的技术经理，项目较多的领域分别有3名项目助理协助工作。
4、管理模式
大多数技术转移机构采用项目管理方法，通过安排一个熟练的项目经理来管理新发明的披露，并与投资者进行一对一的工作来寻求科学投入、评估商业潜力以及支持专利申请的决策过程。除了和投资者就新发明一起工作，项目经理还需要管理指定领域与技术转移相关的所有事务。这些事务包括监督知识产权的法律和市场方面，与专利律师合作申请专利，指导发明商业化，谈判、起草并管理许可、赞助研究，引导小企业创新研究，进行材料调拨，以及保密同意书。不同技术转移机构提供的服务有很大差异，这依赖于机构技术转移的重点。
5、人员配置
TTO雇佣的工作人员通常由科学家与律师组成，或者由科学家和企业家组成。在前者中，在内部执行法律事务，如关于知识产权争端的裁定和许可协议的谈判。在后者中，这些事务通常是外包的。此外，企业家模式可能更有助于TTO协助科学家创业，这种人员配置在市场化过程中更为有效，因此很多经理都建议大学雇佣更多的具有更强营销和商业技能的许可证专业人才。
6、人员素质
彭辉和姚颉靖(2009)对美国、德国和英国医药领域的技术中介组织进行了比较分析，认为这三国的技术转移职能机构兼具技术创新和技术转移的功能，拥有一支具备技术、法律和商业运作方面专业知识的专家队伍来对技术产品进行市场分析与市场运作。
具体来说，TTO对经理都有较高的要求。技术转移经理一般都在高等教育部门以外的部门工作过，有重要的商业和公共部门经验，比起很多其他的大学工作人员，他们有较高的学术水平，享受更高的工资待遇。此外，他们在工作活动中所花费的时间比研究机构的经理更多，他们需要深入参与到知识产权的认定和专利申请中，并向已存在的和新创的公司转让许可证。在麻省理工学院，技术经理大多都具有专业背景，还有一些具有法律背景，并且他们一般都有十几年的工业界工作经验，通晓技术转移全过程。
除了上述几方面的研究之外，我国学者还就运行模式进行了对比研究。叶桂林(2004)对比了中国与美国的大学技术转移中心的运作模式，提出了一个理想的技术转移中心运作模型。赵凤义和莫燕(2009)从中介机构的数量与性质、人员素质、信息资源和服务内容这4个方面将中国、美国和日本的技术转移中介机构进行了对比分析。
由此可见，TTO运行模式在组织结构、人员配置、管理模式上是大体相同的;在经费来源上，根据TTO的性质会略有差异，并且由于各个国家TTO的发展程度不同，在人员素质上也会参差不齐。