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有三种专利侵权赔偿的计算方式：
1、被侵权人因侵权受到的损失 。
2、侵权人因侵权获得的收益。
3、按照专利许可费的倍数确定。
一、侵权人因侵权获得的利益 高院规定第20条第三款：“侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。” 这里需要注意，在会计制度上营业利润和销售利润的区别。
二、被侵权人因为侵权而受到的损失 高院规定第20条第二款：“权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。”
三、按照专利许可费的倍数确定 高院规定第21条：“被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定，有专利许可使用费可以参照的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节、专利许可使用费的数额、该专利许可的性质、范围、时间等因素，参照该专利许可使用费的1至3倍合理确定赔偿数额。” 参照许可费，专利和商标最大的不同是商标只按许可费来直接计算，而专利带有一定的惩罚性，可以按照三倍以下进行赔偿。在我国，知识产权侵权赔偿一般采取补偿原则，即损失多少赔偿多少，没有惩罚性的赔偿，只有在著作权侵权赔偿中可以按照稿费的2-5倍来计算赔偿额，另外就专利侵权赔偿在适用许可费来计算侵权赔偿时可以带有一些惩罚性。
四、第四种计算方式(法定赔偿)的适用 高院规定第21条：“被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定……没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。” 有关专利侵权的法定赔偿与商标也比较接近，只是专利规定了最低的法定赔偿数为5000元，一般最高为30万元.