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1.应注意“计算机程序本身”的定义。
《专利审查指南》第二部分第九章第1节对于计算机程序本身给出了定义，其与《计算机软件保护条例》中对“计算机程序”的定义相同。即“计算机程序本身是指为了能够得到某种结果而可以由计算机等具有信息处理能力的装置执行的代码化指令序列，或者可被自动转换成代码化指令序列的符号化指令序列或者符号化语句序列。计算机程序本身包括源程序和目标程序。”基于《专利审查指南》对计算机程序本身给出的定义，计算机程序本身因其仅仅代表计算机所执行的“指令”或“语句”序列，不涉及程序的实际执行，不可能存在利用自然规律解决技术问题的过程，等同于非技术特征，因而被排除在专利保护的客体之外。
2.应注意关于“涉及计算机程序的发明”的定义。
我国《专利审查指南》第二部分第九章第1节对于涉及计算机程序的发明给出了以下定义：其是指为解决发明提出的问题，全部或部分以计算机程序处理流程为基础，通过计算机执行按上述流程编写的计算机程序，对计算机外部对象或者内部对象进行控制或处理的解决方案。
3.应注意“计算机程序本身”不同于“涉及计算机程序的发明”。
“计算机程序本身”的含义与“计算机处理流程”存在本质的不同，前者代表计算机所执行的“指令”或“语句”序列，后者体现对计算机外部对象或内部对象的控制或处理过程。
也正因如此，即使对于全部以计算机程序处理流程为基础作出的发明，如果其作为整体符合技术三要素的要求，则属于专利保护的客体。这是因为，出现在这些全部以计算机程序处理流程为基础的方法或装置权利要求中的程序，其已经不再是孤立的程序本身，不属于非技术特征，而是与数据、文件及硬件资源相互配合，体现出了对外部对象或内部对象进行控制或处理的解决方案。