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技术转移机构的效率影响因素很多，如运行模式和外部环境等。目前有关技术转移机构效率的研究相对分散，研究人员大多针对其中的几个影响因素进行深入分析和实证研究。总的来说，这些影响因素可归为两大类，即内部影响因素和外部影响因素。
1、内部影响因素
内部影响因素源自员工、科研成果、内部机制、费用和机构本身，具体包括教师任期、员工数量与素质、员工配置、发明质量、激励机制与分配机制、转让费用与外部法律费用、机构规模、建立时间与地理位置，转移渠道。其中，较长的教师任期、高素质员工、合理员工配置、良好的激励机制与分配机制、高质量的发明，以及较低的转让费用都会对技术转移机构的效率产生积极的影响。员工数量的增加会增加转移数量但不能使总体收入增加，外部法律费用对许可证数量产生了略微的负面影响，但对收入产生了积极影响。但是，就机构规模和建立时间对TTO效率的影响这一问题，专家观点存在分歧:
Siegel(1999)调查了5个主要的研究型大学，确定了大学技术转移机构几个关键的影响因素，即教师任期、激励政策、使用费和分配机制，以及转移机构中的员工配置，并指出需要科学家、律师和经理在一个高度专业的环境中共同工作。Richard(2003)补充了两个影响因素，分别是发明质量和许可证持有人用于商业化的费用。LachandSchankerman(2003)根据发明数量和许可收入，证实了专利权使用费、分配机制和激励机制的影响。
在此研究基础上，经过进一步的调研和验证，Siegel(2003)等人又提出员工数量和外部法律支出这两个影响因素。他基于生产函数框架对TTO效率进行了研究，他将TTO的投入归纳为每年发明数量、TTO全职雇员数量以及用于知识产权和商业化的外部诉讼费，产出是每年的许可证数量和每年的许可证收入。研究结果表明，TTO员工数量的增加会引起协议数量的增加，但是收益没有增加。这也说明大学管理人员已经建立了一套TTO激励政策，与拜杜法的精神一致，即许可协议数量最大化。外部法律支出对许可证数量有负面影响，影响不明显，但是对许可证收入有积极且重大的影响。彭辉和姚颉靖(2009)、Chukumba和Jensen(2005)发现员工素质对许可活动产生了显著的积极影响。KateHoye和FredPries(2009)认为，研究人员不愿向TTO提供发明是大学-工业技术转移的一个重要障碍，并且TTO需要鼓励机构自身和工业界的研究人员进行更多的交流，如向工业界提供研讨班、课程和讲习班，进行优选法试验以及参与商业会议。TTO的规模和建立时间对TTO的效率也会产生影响，但是在产生的影响是正面的还是负面的问题上存在分歧。Wendy(2005)等人认为构建更小型、更专业的TTO会比大型、综合性TTO的效率更高，仅仅增加技术转移机构的规模并不能提高效率。综合性大学需要用不同方法来管理技术转移，其中，一个或多个部分专注于某些具有高收益前景的高技术部门，其它的专注于为满足各种目标而设计的活动。建立时间长的TTO由于缺乏学习效应，效率较低。如果大学拥有医学院，会对其效率产生负面影响。Ines Macho-Stadler(2007)的观点与其相反，认为大规模TTO更容易获得并且对许可证收入产生积极作用，他在其模型中引入信誉参数对此进行解释:信誉可以减轻有关发明质量的信息不对称问题——当大学创新活动的总量足够大但单个实验室由于规模较小不足以建立信誉时，TTO通过汇集实验室的发明和搁置一些较差的发明，可以获得较好的声誉，而声誉有助于实现更高利润的技术转让。
此外，一些研究人员还针对国内情况进行了研究，如李文波(2003)提出研究机构的属性、文化和地理位置等影响因素;叶桂林(2004)在对华中科技大学技术转移中心运行模式进行分析后，指出了技术转移渠道对效率的影响，认为在目前国内TTO的运行模式中，技术转移多半是通过非正式渠道发挥作用，改变其运作模式可以增加更多附加价值与功能，可以使得更多研究人员选择正式渠道进行技术转移，同时要对非正式渠道进行规范。通过正式渠道和非正式渠道的双重运作，可以改善国内TTO的效率。
2、外部影响因素
经研究发现，TTO除了受到内部因素影响外，大学、地区和政策等外部环境也会对其产生影响。TTO外部影响因素主要包括大学规模、内部机构、所在地研发水平与经济活动水平、国家政策法规以及政府行为。
3、机构环境
大学的规模、内部机构以及所在地的研发水平、经济活动水平都会影响到其内部TTO的效率:较小的大学往往缺乏资源和技术技能，以有效地支持这种组织安排和投资;如果大学拥有医学院，会对效率产生负面影响;位于研发和GDP较高区域的大学在技术转移中更为有效，这也暗示了技术转移中会有区域溢出。