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可以加计扣除的直接投入费用包括：
1.研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用；
2.用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费，不构成固定资产的样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费；
3.用于研发活动的仪器、设备的运行维护、调整、检验、维修等费用，以及通过经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费。
其中以经营租赁方式租入的用于研发活动的仪器、设备，同时用于非研发活动的，企业应对其仪器设备使用情况做必要记录，并将其实际发生的租赁费按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
根据《国家税务总局关于发布〈企业所得税优惠事项办理办法〉的公告》的规定，研发费用税前加计扣除政策属汇缴享受优惠项目，因此企业实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度汇算清缴纳税申报时，再依照规定享受加计扣除优惠政策。
加计扣除主要是和企业所得税联系，内部自主研发无形资产费用化支出加计扣除50%，资本化支出形成无形资产的按成本150%摊销。
申请研发费用加计扣除需要满足三个条件： 一是，申请研发费用加计扣除的企业必须是居民企业，非居民企业不可以申请； 二是，企业财务核算健全； 三是，企业要能准确归集研发费用。只要满足以上三个条件，企业就可以享受研发费用加计扣除。
为有效划分这类情形，企业应对此类人员活动情况及仪器、设备、无形资产的使用情况做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。
企业实际发生的研发费用，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度汇算清缴纳税申报时，再依照规定享受加计扣除优惠政策。根据研发支出辅助账汇总表，填报研发项目可加计扣除研发费用情况归集表，再填报研发费用加计扣除优惠明细表50行总额栏等于免计、减计收入及加计扣除优惠明细表27行。
公司年度下达研究开发项目(费用)，在办理所得税加计扣除时是否需到省科技厅审核备案核准后，才能加计扣除？企业先登录企业研究开发项目确认管理平台进行项目确认，确认后再到税务部门进行项目登记。根据财政部 国家税务总局关于研究开发费用税前加计扣除有关政策问题的通知财税〔2013〕70号三、主管税务机关对企业申报的研究开发项目有异议的，可要求企业提供地市级（含）以上政府科技部门出具的研究开发项目鉴定意见书。所以，税务方面只需要到税务局备案，如果是研发项目，需要立项的，应该在当地科技局备案。
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