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免征增值税：应纳增值税为0，同时不能抵扣进项税额。
适用零税率：增值税应纳税额=销项税额－进项税额，适用零税率即销项税额为0，应纳税额=0－进项税额。这意味着可以退还税款，或进项留抵。相比之下，适用零税率比免征增值税更实惠。
根据《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》(财税〔2011〕70号)规定：“一、企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：
(一)企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件;
(二)财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求;
(三)企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。
二、根据实施条例第二十八条的规定，上述不征税收入用于支出所形成的费用，不得在计算应纳税所得额时扣除;用于支出所形成的资产，其计算的折旧、摊销不得在计算应纳税所得额时扣除。”
引用资料：代理记账和税务合规有什么区别？