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一、两者的法律依据不同
1、软件的著作权保护依据《著作权法》和《计算机软件保护条例》。
2、软件的专利保护依据《专利法》，具体审查标准参见国家知识产权局专利《审查指南》第二部分第九章“涉及计算机程序的发明专利申请审查若干问题”。
二、保护原则不同
1、软件著作权是在软件创作完成后自动产生的，也是自愿进行软件著作权登记，登记的目的是体现公证的效力，主要用于声明著作权权属，同时使后续维权时的证据力度更大。
2、软件专利则必须向专利局提出申请才能获得保护，因此必须要积极申请，且专利制度也是以“用公开换保护”为原则。
三、申请通过率不同
1、软件著作权实行的是登记制，一般不需要经过实质审查，只要形式审查时提交的材料符合要求，并且不违反《著作权法》的规定即可获权，登记通过率极高。
2、软件专利需要经过形式审查和实际审查。
形式审查主要是审核专利材料是否符合申请要求，形式审查通过后就会公开，再进入实质审查，审核该专利是否符合《专利法》的要求，并且要满足新颖性，创造性，实用性等诸多要求。
一般纯软件型的专利不易获权，通过软硬件结合的方式会提高其授权率。
四、保护期限和维护费用不同
1、公民的作品，其法律规定的相关著作权保护期为作者有生之年加死亡后50年;法人及其它组织的作品，其法律规定的相关著作权的保护期为50年。
费用方面只会缴纳前期的申请费，后续不会有维护的费用。
2、一般来说软件专利只能申请发明专利，保护期限从申请日起算20年。
而发明专利每年都需要缴纳年费，过期不缴纳即视为放弃专利权。
五、优缺点不同
1、软件著作权可以不用公开就受到保护，并且能够让创作者快速地获得著作权保护，普通登记一般4个月左右授权，采用加急申请软件著作权最快能一个工作日授权。能够让著作权人快速抢占市场，拿到政府相应的资助。
2、软件专利必须以公开换保护，发明专利申请时间是1~2年，一般不能采取加急形式。
而软件的进步相应来说是较快的，所以在申请的过程中的有可能就错过了软件市场。但是专利保护的是设计构思和方案，所以保护的力度更强，并且专利还可以提出一些现在不能实现的专利，等到技术发展了能够实现该专利了，再以许可的方式去获得收益，很多大公司的专利储备就是按照这种方式来的。