根据《国家税务总局关于发布个人所得税申报表的公告》（国家税务总局公告2013年第21号）的规定，个人独资合伙企业的申报表主要有三个方面变化：
一是两表变三表。将原来的《生产经营所得投资者核定征收个人所得税申报表》和《生产经营所得投资者核定征收个人所得税申报表（年报）》两张表更新为《生产、经营所得个人所得税纳税申报表（A表）》、《生产、经营所得个人所得税纳税申报表（B表）》，并增加了一张《生产、经营所得投资者个人所得税汇总申报表》。
二是适用范围更细化，《生产、经营所得个人所得税纳税申报表（A表）》适用于查账征收个人所得税的个体工商户、企事业单位的承包承租经营者、个人独资企业投资人和合伙企业合伙人的预缴纳税申报，以及所有实行核定征收的纳税申报。《生产、经营所得个人所得税纳税申报表（B表）》适用于查账征收“个体工商户的生产、经营所得”和“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”个人所得税的个体工商户、承包承租经营者、个人独资企业投资者和合伙企业合伙人的个人所得税年度汇算清缴申报。
《生产、经营所得投资者个人所得税汇总申报表》改变了原来多处生产经营所得合并，没有专门的申报表的状况。适用于个体工商户、承包承租企事业单位、个人独资企业、合伙企业投资者在中国境内两处或者两处以上取得“个体工商户的生产、经营所得”和“对企事业单位的承包经营、承租经营所得”的，进行个人所得税年度汇总纳税申报。
三是投资者减除费用的扣除顺序发生了变化，由“先扣后分”变为“先分后扣”。改变了以往先扣除投资者的费用标准扣除额再按比例分配的计算方法，按分配比例计算出每个投资者的份额，再减除投资者的费用标准扣除额。计算方法的改变，带来税额的变化，提醒个人独资企业和合伙企业自然人投资者关注。
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