纳税人有序有效的自查可按如下五个步骤进行：
第一步，制度、法规相对照，即企业内部应纳的各税财会处理规定与相关税收条例规定之间的对照自查。自查目的是了解企业制定的内部财会规定与各税法律法规之间是否存在差异，其差异是否会造成各税种的违章。
第二步，制度执行情况自查，即与各税计算相关的企业内部有关制度的执行情况的自查。自查目的是明确企业内部与各税种计算相关的制度、流程执行得怎样?是否存在影响各税计算准确性的因素?
第三步，纳税申报的自查。即通过账证与纳税申报表的对照自查。自查目的是从中发现是否存在足额申报税款的问题。
第四步，账簿对应关系的自查。自查目的是通过账簿数据的勾对关系自查是否存在各税计算错误。
第五步，数据、指标分析，即对企业的一些财务数据按各税法规具体要求进行对比。自查目的是从财务数据、指标角度看企业是否可能存在各税违章问题。
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