根据《财政部印发的通知》（财会[2013]24号）规定，小微企业在取得销售收入时，应当按照税法的规定计算应交增值税，并确认为应交税费，在达到《通知》规定的免征增值税条件时，将有关应交增值税转入当期营业外收入。
小微企业免征税的会计处理：
1、减免增值税：
借：应交税费—应交增值税 贷：营业外收入—补贴收入或税收减免
2、减免附加税费：
借：应交税费——应交城建税、教育费附加、地方教育费附加等 贷：营业外收入——补贴收入或税收减免。
附：国家税务总局公告
国家税务总局公告（2014年第57号）《关于小微企业免征增值税和营业税有关问题的公告》 财税（2016）12号《财政部国家税务总局关于扩大政府性基金免征范围的通知》
1、政府性基金的免征不仅适用于小规模纳税人，也适用于一般纳税人。 财税（2016）12号是这样描述的，将免征教育费附加、地方教育附加、水利建设基金的范围，由现行按月纳税的月销售额或营业额不超过3万元（按季度纳税的季度销售额或营业额不超过9万元）的缴纳义务人，扩大到按月纳税的月销售额或营业额不超过10万元（按季度纳税的季度销售额或营业额不超过30万元）的缴纳义务人。 描述中用的是缴纳义务人，而非明确指出是小规模还是一般纳税人，所以均包含。
2、小微企业免征增值税只适用于小规模纳税人。 国家税务总局公告（2014年第57号）是这样描述的，增值税小规模纳税人和营业税纳税人，月销售额或营业额不超过3万元（含3万元，下同）的，按照上述文件规定免征增值税或营业税。其中，以1个季度为纳税期限的增值税小规模纳税人和营业税纳税人，季度销售额或营业额不超过9万元的，按照上述文件规定免征增值税或营业税。 文件明确描述小规模纳税人，所以是特指，不包括一般纳税人。一般纳税人不得享受。
3、小微代开的专票要算入销售额，但是不管是否满足小微企业标准。都要交增值税和城建税。 什么意思呢，举个例子，比如小规模纳税人本季度自开了7万发票，代开了1万专票，合计销售额8万。这并未超过季度9万标准，所以享受免征增值税，注意代开的1万是算入季度销售额了。 但是代开1万相应的增值税部分要缴纳。城建税也要缴纳，因为城建税是以实际缴纳的增值税、消费税、营业税税额为依据。营改增后，营业税全面退出历史舞台后，城建税仅剩以实际缴纳的增值税、消费税税额为依据。所以城建税也要缴纳。 附加和地方教育费附加满足减免条件，不用缴纳。
4、小微代开的专票税额满足条件可以申请退还。 如果专用发票全部联次追回或者按规定开具红字专用发票后，这1万的增值税300可以向主管税务机关申请退还。其他情况没法退还。
5、免征增值税的小微企业相应的城建和教育费附加、地方教育费附加不做账务处理。 城建和教育费附加、地方教育费附加都是以实际缴纳的增值税、消费税额来计提缴纳，没有缴纳增值税，不用在账务上进行计提。 填写申报表时也直接零申报。
6、增值税按季度申报，地税部分按月申报怎么办？ 好办，地税部分的城建税和附加每个月都零申报即可。
总局公告2016年12号文执行之后随增值税、消费税附征的城市维护建设税、教育费附加免于零申报。
通过国税地税信息共享，自动生成增值税、消费税附加税费零申报信息，免除纳税人增值税、消费税附加税费零申报资料信息的报送。
7、增值税需要按纳税义务时间计算并确认，达到免税条件转入损益。
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