在签订商标转让协议时协议双方需要注意解决好以下问题，只有这样才能避免出现商标转让出现不合理的情况。
首先商标转让协议需要注册的内容：
一点就是了解被转让商标的属性必须要清楚地知道被转让商标的是“注册商标”还是“申请商标”。因为只有“注册商标”才具有商标专用权，而“申请商标”只是在先申请权。
其次，就是涉及商标转让需要注册的内容
(1)非法转让问题：所谓非法转让注册商标就是指注册商标的转让人并不是该注册商标的所有人，或者是不能代表全部商标所有人，或者是未经注册商标权利所有人同意，而以隐瞒、欺诈、伪造等不正当手段将其注册商标偷偷转让的。
在现有的商标转让程序中由于客观存在的漏洞，要做出这样的事来并非困难，虽然事后完全可以通过法律途径解决和保护商标权利人的利益，但当事人遭受的重大损失将是无法弥补的。
(2)无效转让问题：所谓无效转让就是指注册商标转让不符合商标法律所规定的限制条件，虽然商标转让双方已签订了商标转让协议，并且乙方也已支付了商标转让费，但该注册商标转让申请根本不可能被国家商标局核准，因此，该商标的转让是无效的，因为商标无法被核准转让，所以商标的所有人仍然没有变。
公司宝办理商标转让过程中发现，一些企业与他人签订《商标转让协议》，把转让款支付完并使用商标或者拿到对方的《商标注册证》以后，就不去办理商标转让核准手续了。没有取得商标局的转让核准手续，等于该商标所有权仍在转让人的名下，在法律上转让人仍是该商标的专用权人，受让人并没有取得法律认可的商标所有权，
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