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补发工资，各地处理的口径不一样，对于允许分摊回以前年度计算个人所得税的，每月工资为3300元，不涉及个人所得税，对于部分地区要求并入发放当月工资薪金或者作为年终奖计税的，涉及个人所得税。具体以当地税务机关的要求为准。
1、广东省：分摊回以前月份，3300元每月无需缴纳个人所得税
根据《关于对补发以往月份工资计算个人所得税问题的通知》（粤地税发[1999]239号）的规定，可以把补发的工资（含津贴，补贴），分摊回所属月份工资薪金所得合并计征个人所得税，不与发放当月的工资薪金合并计算缴纳个人所得税。
其计算公式如下：
所属月份补发工资应纳税额={[（所属月份补发工资+原所属月份的工资薪金所得）-费用减除额]×适用税率-速算扣除数}-原所属月份已缴纳的个人所得税。
2、江苏省：合并当月工资，需征个人所得税
例如，江苏省地方税务局2013-03-04在线咨询问题：
问：2013年1月、2月工资为每月5000元（已扣除保险，公积金），当时按5000基数代扣个人所得税45元，3月份涨工资了，每月发10000元，并补发1、2月工资每月5000元，3月份共发了20000元，请问怎么计税，按5000元补交45元个税，还是按10000元计税，还是按3月份发的20000元计税？
答复：根据《个人所得税法》及《实施条例》的规定，工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇而取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。自2011年9月1日起，工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五。
因此，您企业补发数月工资薪金，应当合并发放当月的工资薪金所得扣缴个人所得税。3月份补发前2个月的工资，应将补发的10000元与当月的工资10000元合并计算扣缴个人所得税。
我个人更认同广东的做法，但贵公司需要有足够证明明确工作实际是补发工资。