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按照合法性、相关性和实用性的原则，建议增值税会计核算通过“应交税费”科目核算，并配合“辅助核算”或者“项目核算”在该科目下设置以下4个二级会计科目。
（1）“应交税费——应交增值税”。
该科目核算增值税当期的发生情况，借方发生额表示纳税义务的减少，例如，已经认证通过且当期申报抵扣的进项税额、已交税金、减免税款等；贷方发生额表示纳税义务的增加，例如，销项税额、进项税额转出等。该科目一般月末没有余额，当本期借方发生额大于贷方发生额时，表示本期有留抵税额，通过贷方（转出多交增值税）将差额转到“应交税费——未交增值税”的借方；当本期借方发生额小于贷方发生额时，表示本期有需要缴纳的税额，通过借方（转出多交增值税）将差额转到“应交税费——未交增值税”的贷方。
（2）“应交税费——未交增值税”。
该科目核算增值税当期的缴纳情况，借方发生额表示当期已经缴纳（包括多缴纳）的增值税，贷方发生额表示当期应缴纳而尚未缴纳的增值税。由于增值税的纳税申报期一般在次月（季），而会计要遵循权责发生制，所以一般情况下，该科目在期末会计结账后，有余额，借方余额表示本期多缴纳的增值税额；贷方余额表示当期应缴纳的增值税额，在次月实际缴纳增值税后，该科目则没有余额。
（3）“应交税费——增值税待抵扣税额”。该科目核算可抵扣的增值税进项税额发票的抵扣情况，借方发生额表示取得的尚未进行发票认证（或稽核比对）的，可抵扣的增值税进项税额；贷方发生额表示发票认证（或稽核比对）通过后可以抵扣的增值税的进项税额。该科目一般期末余额在借方，表示当期发票尚未认证（或稽核比对）的增值税进项税额。
提示：纳税信用A级纳税人取消增值税发票认证：根据《国家税务总局关于纳税信用A级纳税人取消增值税发票认证有关问题的公告》（国家税务总局公告2016年第7号）的规定，纳税信用A级增值税一般纳税人自2016年3月1日起，取得销售方使用增值税发票系统升级版开具的增值税发票（包括增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、机动车销售统一发票，下同），可以不再进行扫描认证，通过增值税发票税控开票软件登录本省增值税发票查询平台，查询、选择用于申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息。
如果取得的发票不用认证，可以直接申报抵扣，则取得发票后直接计入“应交税费——应交增值税”，不用通过该科目核算。
（4）“应交税费——增值税检查调整”
该科目核算增值税纳税调整事项的发生及处理情况。企业通过自查、审计或者税务稽查后可能会产生增值税的纳税调整。具体内容参见本书第193页3.3.7节问题1。
3.“应交税费——应交增值税”需要设置三级明细吗，为什么？
不需要。很多企业在进行科目设置时，都喜欢将“应交税费——应交增值税”设置三级明细，如“应交税费——应交增值税——进项税额”“应交税费——应交增值税——销项税额”等以具体核算增值税进项税额、销项税额发生情况。殊不知，设置成三级明细账有弊无利，因为“应交税费——应交增值税”的三级明细一般会设置成“三栏”式明细账，即有借方发生额、贷方发生额和余额。这样的账簿设置既不能满足增值税纳税申报提供明细信息的需要，例如不能很好地描述进项税额认证抵扣情况、不能区别销项税额的开票信息，又不具有很好的实用性，例如“应交税费——应交增值税——进项税额”贷方的经济意义是什么？这类账户还需要定期结转，否则这类账户的余额没有任何意义，费时费力。
4.“应交税费——应交增值税”如何设置明细才是合理的？
“应交税费——应交增值税”科目在设置明细时，首先要考虑实用性，即满足增值税纳税申报及日常管理的要求；其次要尽量使账务处理简便。建议“应交税费——应交增值税”不用设置明细账，它的明细核算采用“辅助核算”的方式。如果企业有财务软件，可以考虑为该科目设置“辅助核算”或者“项目管理”，如果没有财务软件或者财务软件功能不健全，可以用Excel来实现。