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遗失存根联属未按规定保管发票，税务机关可以处一万元以下的罚款。
《中华人民共和国发票管理办法》第三十条规定：开具发票的单位和个人应当按照税务机关规定存放和保管发票，不得擅自损毁。已经开具的发票存根联和发票登记簿，应当保存五年。保存期间满，报经税务机关查验后销毁。
《中华人民共和国发票管理办法》实施细则第五十条规定：下列行为属于未按规定保管发票的行为：
（一）丢失发票；
（二）损（撕）毁发票；
（三）丢失或擅自销毁发票存根联以及发票登记簿；
（四）未按规定缴销发票；
（五）印制发票的企业和生产发票防伪专用品的企业丢失发票或发票监制章及发票防伪专用品等。
（六）未按规定建立发票保管制度；
（七）其他未按规定保管发票的行为。
《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条违反发票管理法规的行为包括：
（一）未按照规定印制发票或者生产发票防伪中专用品的；
（二）未按照规定领购发票的；
（三）未按照规定开具发票的；
（四）未按照规定取得发票的；
（五）未按照规定保管发票的；
（六）未按照规定接受税务机关检查的。
对有前款所列行为之一的单位和个人，由税务机关责令限期改正，没收非法所得，可以并处1万元以下的罚款。有前款所列两种或者两种以上行为的，可以分别处罚。 建议你想办法取得发票联的复印件和记帐联的复印件，在缴销发票时主动向税务人员说明你单位已按规定将该份发票申报纳税，说明你单位没有造成后果，税务机关一般是不会处罚的。《中华人民共和国发票管理办法》第三十六条是规定可以处罚款，那就也可不处罚。