根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》(国税发〔2006〕187号)第八条规定，房地产企业完成土地增值税清算后继续销售剩余房产，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，但在申报时还有个别问题尚未明确，需引起纳税人注意。
纳税义务发生时间的确认
房地产销售涉及多个环节，包括支付定金、签订合同、预收房款、开具发票、交房等，土地增值税预缴时，普遍以预收房款和合同约定的付款时间作为纳税义务发生时间。那么，清算后继续发生销售，应以哪一环节作为纳税义务发生时间呢?
对此，《中华人民共和国土地增值税暂行条例》规定，纳税人应当自转让房地产合同签订之日起7日内向房地产所在地主管税务机关办理纳税申报，并在税务机关核定的期限内缴纳土地增值税。《国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知》(国税函〔2010〕220号)也明确，土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。
因此，笔者认为，作为土地增值税清算阶段和清算后继续销售阶段，只要签订了转让房地产合同即应列入清算范围，应以签订房地产合同时间作为纳税义务发生时间。
清算审核期间如何申报
《土地增值税清算管理规程》(国税发〔2009〕91号)明确，主管税务机关收到纳税人清算资料后，对符合清算条件的项目，且报送的清算资料完备的，予以受理。土地增值税清算审核结束，主管税务机关应当将审核结果书面通知纳税人，并确定办理补、退税期限。这里涉及两个概念，纳税人清算申报和税务机关清算审核。
在实际业务中，清算和审核可能跨多个申报期，部分复杂项目甚至跨年，在此期间取得售房收入该如何申报?一种观点认为，直到税务机关出具书面审核结果才算清算完成，清算申报和税务审核期间应按照预缴的方式缴纳土地增值税，税务审核完成后再按清算后继续销售的方法计算;另一种观点认为，企业完成清算申报即已完成了清算，清算申报和税务审核期间都应按清算后继续销售的方法计算缴纳土地增值税。笔者认为，土地增值税清算申报是纳税人应尽的义务，税务审核只是后续管理的一种手段，第二种观点更客观。
按月归集还是滚动归集
土地增值税清算后继续销售，是按月归集进行清算申报还是滚动归集进行清算申报，并无明确的规定。
由于土地增值税清算是以房地产开发项目为单位进行清算，分期开发的项目，以分期项目为单位清算。由于同一项目单位面积成本相同，而清算后的销售价格与清算时的销售价格不同，若采用按月归集，会造成同一个项目清算时和清算后出现两种不同的增值率，甚至导致税率的差异的问题。
因此，笔者认为，对同一个项目应纳土地增值税和适用税率应为一个确定值，按整个项目滚动计算土地增值税更为合理。即将整个项目房地产收入总额减去全部扣除项目得出增值率，确定一个统一的税率来计算土地增值税，具体申报时均按项目累计数填写，扣除已申报土地增值税，再计算应补退税额。
土地增值税能否“二次清算”
房地产企业存在清算时由于各种原因未支付款项、未取得合法凭证而造成开发成本未税前扣除的情况，清算后如继续支付并取得合法有效凭证，是否可以重新计算土地增值税，进行“二次清算”。
虽然目前文件中并无“二次清算”的概念，但笔者认为，土地增值税清算是以整个房地产项目为单位，清算时可能仅对整个项目的85%进行了清算，当整个项目实现了100%销售时应重新进行土地增值税清算。
根据实践，重新清算可分为两种情况，一种是依企业申请，如企业后续取得合法凭证或需要退税时，可申请清算;另一种是税务机关发起，如一些普通住宅因增值额未超过扣除项目金额20%而享受免征土地增值税，但可能由于清算后销售价格发生变化，造成整体项目不符合免税条件，就需税务部门重新发起清算。
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