高新技术企业认定专项审计是指注册会计师接受拟向有关部门申请高新技术企业认定的企业委托，审计其近三个会计年度（实际经营不足三年的，按实际经营年限）的研发费用结构清单和近一个会计年度的高新技术产品（服务）收入清单，并出具专项审计报告。
注：申报企业近三个会计年度财务报表（含资产负债表）.损益表.未经会计师事务所审计，实际年限不足三年的，应当委托财务报表审计。
《高新技术企业认定管理办法》对高新技术企业认定申请材料提出了要求，其中第六点提到：
合格中介机构出具的企业近三个会计年度研发费用和近一个月会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或验证报告，附研发活动说明材料；
可见，要申请高新技术企业认定，必须提供专项审计报告。
1.拟向有关部门申请高新技术企业认定的企业，均需进行高新技术企业认定专项审计；
2.由于高新技术企业资质自颁发证书之日起有效期为三年，企业应在期满前三个月内提出复审申请。未提出复审申请或者复审不合格的，高新技术企业资质到期自动失效。
因此，拟向有关部门申请高新技术企业复审的企业，需要对高新技术企业进行专项审计。
因此，无论是第一次申报还是复审，都需要对高新技术企业进行专项审计。
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