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子公司是指一定数额的股份被另一公司控制或依照协议被另一公司实际控制、支配的公司。子公司拥有自己所有的财产，自己的公司名称、章程和董事会，以自己的名义开展经营活动、从事各类民事活动，独立承担公司行为所带来的一切后果和责任，属于独立法人。即使按照“会计主体”原则，子公司通常也应独立建账核算，只是年报时一并纳入母公司合并报表。
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五十二条 除**另有规定外（比如不具有法人资格的营业机构），企业之间不得合并缴纳企业所得税。至于其他税种，分支机构、分公司亦可成为独立纳税人，则更无合并纳税的道理。
至于如果只是在总部所在地核算，但是子公司仍然独立建账、报税，那就属于公司自己的事务，倒也没有什么关系。
引用资料：设立子公司的操作流程