当今社会市场经济相当活跃，企业注销在经济生活中已是相当普遍的事件，而其涉及到的税务问题也具有一定的特殊性，如处理不当，可能会给企业及其股东带来一系列的税务风险。
根据《税收征管法》及其实施细则的规定，纳税人发生解散、破产、撤销以及其他情形，依法终止纳税义务的，应当在向工商行政管理机关办理注销登记之前，持有关证件向原税务登记机关申报办理注销税务登记。然而，不少企业由于规模小，股东人数少，在注销清算时没有正确进行相关税务处理。由于公司是当今社会中最主要的经济组织形式，笔者以公司制企业为例就注销过程中的常见涉税问题总结如下：
一、企业终止经营业务注销时要依法清算
根据《中华人民共和国公司法》、《税收征收管理法》、《税收征收管理法实施细则》、《公司登记管理条例》等法律法规的规定，企业因为各种原因终止经营需进行注销的，应依法成立清算组，在相关债权债务处理完毕、所有清算事项均告完成后再办理相关注销税务登记手续。在办理完税务登记手续后才可以到工商行政管理机关办理企业注销的手续。税收作为一种特殊的债务，根据法律规定，公司清算时应优先考虑。而不少公司注销时没有依法成立清算组，或成立了清算组没有依法清算，损害了包括国家在内的债权人的利益，其股东有可能会承担连带责任。
此外，企业被吊销营业执照后仍需进行注销清算，办理注销税务登记。根据法律的规定，吊销企业营业执照是一种由法定国家机关(工商行政管理机关)实施的行政处罚，仅意味着企业营业资格的消失，但民事主体资格并未丧失，仍然具有诉讼主体资格，纳税义务和相关债权债务仍然存在。企业在被处以吊销营业执照的行政处罚后，仍需依法清算，办理纳税申报，进行注销税务登记，然后到工商行政管理机关办理注销登记手续。
二、清算时应进行“两个层面、三个阶段”的所得税处理
根据《中华人民共和国企业所得税法》、《中华人民共和国企业所得税法实施条例》、《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]60号)等税收法律、法规、规范性文件的规定，企业注销时需分“两个层面、三个阶段”处理所得税方面的涉税事宜。
所谓“两个层面”是指公司清算时要在公司层面和股东层面均进行正确的所得税处理，而“三个阶段”是指公司要就注销当年度的生产经营所得进行企业所得税申报、要就清算过程中的清算所得进行企业所得税申报、公司有股东(包括自然人股东)要就清算分配的情况进行正确的税务处理。
公司就注销当年度的生产经营所得进行企业所得税申报时，应将年初至注销之日作为一个纳税年度单独办理纳税申报。
在注销清算阶段就注销清算所得申报企业所得税时，主要就清算过程中全部资产可变现价值或交易价格，减除资产的计税基础、清算费用、相关税费，加上债务清偿损益等后的余额作为清算所得申报缴纳企业所得税。
同时，在清算过程要对存货、不动产进行正确的税务处理。
实务中，很多企业注销时账面上仍有一些存货或不动产(如房地产开发企业开发的商品房)，而企业一般也都会对上述资产进行处理后再注销，如以上述资产抵债，抵应付工资等有关费用，此时除因适用特殊税务处理办法无需进行清算的情形外，公司应按照公允价值确认相关资产的销售收入或视同销售收入，并及时申报缴纳有关流转税，同时确认相关资产的销售或转让所得，依法申报企业所得税。
在企业的股东取得清算分配的资产时，应根据《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税[2009]60号)按规定确认为股息所得和财产转让所得(或损失)，同时对股东从被清算企业分得的资产应按可变现价值或实际交易价格确定计税基础。
具体来说，股东分得的资产的金额相当于被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，应确认为股息所得;而在减除股息所得后的余额，超过或低于股东投资成本的部分，应确认为股东的投资转让所得或损失。
对于被清算企业的法人股东而言，应在分得资产的当年按上述规定进行正确的税务处理，并入本企业的正常经营所得和其他所得，依法申报企业所得税。
而对于被清算企业的自然人股东而言，应取得注销清算企业分配的剩余资产时依照上述规定计算应缴纳的股息红利项目个人所得税和财产转让项目个人所得税，并由被投资企业(清算企业)代扣代缴。总之，自然人股东应合理区分股息所得和财产转让所得税(也可能形成亏损)、遵循分步计算、先算股息后算财产转让的原则计算缴纳个人所得税。
三、公司注销后，公司的股东对公司存续期间未履行的纳税义务仍要承担责任
企业在办理工商注销登记后，其尚未履行的纳税义务决不会“一笔钩销”，在企业注销清算的过程中，税务机关是一种具有特殊身份的债权人，且具有优先受偿权，企业股东等清算义务人如果未尽清算义务或采取欺诈的手段骗取注销登记的，税务机关有权通过法律手段要求清算企业的股东及相关清算义务人承担税款的连带清偿责任。
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